一、菌肥对氮肥的增效作用

氮气主要是尿素和大多碳酸铵不稳定的，高挥发性的，混合的羧基基团的含腐植酸腐殖酸肥料后，酚官能团如羧基，具有强大的离子交换容量和吸附容量可以减少铵的损失氮。如果尿素施加到石灰性土壤，尿素和碳酸氢铵的分解也能引起由于挥发碱性的损失，这是原因尿素肥料的氮利用效率的一个不高。一是提高尿酶的活性，减缓尿素分解，减少挥发；二是腐殖酸可与尿素形成复合物，逐渐分解释放氮，是尿素肥效的延伸.. 同时，腐植酸的生物活性可以促进植物根系发育和体内氮代谢，促进氮的吸收。

二、对磷肥的增效作用

施肥到土壤中，极易溶于磷酸盐是固定的土壤，在酸性土壤，主要是磷游离铁和铝离子固定;石灰性土壤，主要磷酸钙固定，其结果是磷转换为延迟或无效磷磷，当只有10-20％的季磷利用率。

三、对钾肥的增效作用

腐殖酸含有官能团的贮存器能吸收钾离子，这可以防止肥料的损失与在沙和土壤浸出水，粘度也防止土壤固定钾。

四、对微肥的增效作用

土壤中有相当数量的微量元素储量，但有效的部分太少，可以被植物吸收。腐植酸与难溶性的微量金属元素分析可以通过发生络合反应，生成溶解性好、易被植物能够吸收的腐植酸微量元素形成络合物，复合微生物菌肥有利于提高根部吸收或叶面吸收，促进中国植物将吸收的微量元素从根部向地上部分企业转移，从部分研究叶片向其他影响叶片扩散。