复合微生物菌肥是以有机质为基础，与菌剂和无机肥混合而成。能在减少环境污染的前提下，增强土壤活性和肥料效率，提高作物产量和品质，促进现代生态农业的发展，为了提高生物肥料的利用率，应考虑以下八个方面。
1、了解生物肥料的基本信息，如生产日期，保质期，用途，使用方法等。非立即使用的，应按说明书存放，注意避光、通风、干燥。
2、了解生物肥料的适宜作物等中的主要作用，例如根瘤菌肥料适用于豆类作物作结瘤固氮的接种剂；磷细菌肥料可将不溶性磷转化为有效磷和无机磷。
3、掌握应用时间和技术，可以用“早、近、平”来概括，即施用时间要早，一般用作基肥、种肥、苗肥；施肥与作物根系的距离要近；种苗肥料要混好。
4、 与有机肥同时施用，两种肥料混合使用，可提高肥效。
5、施肥后立即覆土，避免阳光直射，杀灭微生物，降低生物肥料利用率..
6、不适宜与化肥、杀菌剂等农药混合使用，会抑制生物肥料中微生物的生长，甚至杀死微生物，从而影响肥料的肥效。
7、防止与未熟农家肥混合，因为农家肥在成熟过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
8、不同种类的复合微生物菌肥不能混用。目前，市面上的生物肥料中含有多种细菌，其中含有不同的活性菌，它们之间是否存在相互抗性还不是很清楚，如果它们相互抗性，就会降低肥料效率。