菌肥的使用效果有很大一部分原因是受环境影响的，在环境方面，要注意两点，一个是使用前的存放，另一个是使用后的土壤情况。在这两个阶段，如果有不适宜的温度和湿度，都会使菌肥的活性降低。
1、储存当中应该注意的问题
菌肥怕光，一定不要在阳光下暴晒，暴晒会导致菌群的活性降低，不利于使用效果。
在储存的时候，要放在阴凉处，不要温度忽高忽低，影响使用效果。
湿度要适宜，土壤含水量在百分之五十到百分之七十时是最适宜的，水分过多或者水分过干都会导致菌肥的使用效果受到影响。
2、施肥时土壤的情况
使用菌肥的时候，要注意温度过高或者过低都不适合使用菌肥，所以，在春秋两季使用菌肥是比较合适的，夏天气温过高，冬季气温过低，使用菌肥的效果一般。
光是使用菌肥是不够的，可以搭配着使用一些有机肥，给农作物提供足够的营养物质。
在使用菌肥的时候，不要过多的浇水，会使菌肥当中的氧气不足，含氧量降低，不利于菌种的存活。
3、使用时的注意事项
菌肥一定要用在土里，而不能施用在土壤的表面，这样是没有多大效果的。
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